Hello Ilia,
This probably comes from a failure in the lower-level ica ( probably Folder_name_BOLD-rs_s11011_Run1.ica ). Are there any errors in the lower-level logs?
Many Regards
Matthew
On 8 May 2012, at 23:54, Ilia M wrote:
> MELODIC doesn't seem to work when running a multi-session temporally concatenated analysis. I don't know what's wrong, so too much information may be provided below.
>
> (1) The higher level MELODIC analysis log has repeats of the following error for all participants.
>
> ** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '/net/synapse/nt/makedon1/physioBOLD/CVR/Other/5001_rs/Folder_name_BOLD-rs_s11011_Run1.ica/reg_standard/bg_image'
>
> (2)There are indeed no bg_image files in any of the lower level folders. Here is a sample directory listing for a lower level folder (this may help more knowledgeable users determine how far the lower level analyses went):
>
> ./example_func.nii.gz
> ./report_log.html
> ./report_reg.html
> ./mask.nii.gz
> ./mean_func.nii.gz
> ./filtered_func_data.nii.gz
> ./design.fsf
> ./reg
> ./reg/example_func.nii.gz
> ./reg/example_func2standard.png
> ./reg/example_func2standard1.png
> ./reg/example_func2standard.mat
> ./reg/example_func2standard.nii.gz
> ./reg/example_func2standard2.png
> ./reg/standard.nii.gz
> ./reg/standard2example_func.mat
> ./logs
> ./logs/feat2_pre.e1531
> ./logs/feat3_reg.e2271
> ./logs/feat0
> ./logs/feat5_reg
> ./logs/feat5_stop.o2500
> ./logs/feat9
> ./logs/feat3_reg.o2271
> ./logs/feat5_stop.e2500
> ./logs/feat2_pre.o1531
> ./logs/feat2_pre
> ./logs/feat1
> ./mc
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs.rms
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.par
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf_abs_mean.rms
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0141
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0112
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0149
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0023
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0145
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0073
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0118
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0071
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0064
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0080
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0054
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0096
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0075
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0138
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0021
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0137
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0102
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0036
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0114
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0126
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0166
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0171
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0154
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0094
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0104
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0116
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0057
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0068
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0168
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0046
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0099
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0109
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0069
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0174
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0065
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0055
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0025
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0029
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0123
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0107
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0012
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0079
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0048
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0175
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0087
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0038
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0059
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0008
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0127
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0027
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0066
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0106
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0176
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0058
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0001
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0044
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0157
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0103
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0024
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0042
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0110
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0030
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0015
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0090
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0067
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0088
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0070
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0117
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0101
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0051
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0034
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0022
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0019
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0135
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0006
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0000
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0158
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0105
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0111
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0028
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0150
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0039
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0125
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0033
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0139
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0143
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0043
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0089
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0142
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0056
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0160
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0172
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0032
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0037
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0133
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0153
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0122
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0146
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0147
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0009
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0136
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0004
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0134
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0031
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0005
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0164
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0131
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0072
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0077
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0049
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0170
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0041
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0026
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0098
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0010
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0124
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0084
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0115
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0167
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0121
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0020
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0155
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0092
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0085
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0120
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0140
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0151
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0011
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0016
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0163
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0018
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0050
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0097
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0162
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0091
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0169
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0017
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0108
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0061
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0144
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0095
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0148
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0113
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0062
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0052
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0119
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0083
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0035
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0152
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0074
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0013
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0129
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0007
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0047
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0130
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0165
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0003
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0128
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0082
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0093
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0161
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0132
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0173
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0002
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0078
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0063
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0177
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0100
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0040
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0159
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0053
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0014
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0076
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0060
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0086
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0045
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0081
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf.mat/MAT_0156
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel.rms
> ./mc/trans.png
> ./mc/prefiltered_func_data_mcf_rel_mean.rms
> ./mc/rot.png
> ./mc/disp.png
> ./report.html
> ./.files
> ./.files/images
> ./.files/fsl.css
> ./absbrainthresh.txt
> ./report_prestats.html
> ./reg_standard
> ./reg_standard/mask.nii.gz
> ./reg_standard/filtered_func_data.nii.gz
> ./reg_standard/reg
> ./reg_standard/stats
>
>
>
> (3) The last portion of the log for a lower level MELODIC analysis is shown below (the last section is Registration):
>
>
> Registration
>
> /bin/mkdir -p reg
>
> /usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths /usr/share/fsl/4.1/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain standard
>
> /usr/share/fsl/4.1/bin/flirt -ref standard -in example_func -out example_func2standard -omat example_func2standard.mat -cost corratio -dof 7 -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -interp trilinear
>
> /usr/share/fsl/4.1/bin/convert_xfm -inverse -omat standard2example_func.mat example_func2standard.mat
>
> /usr/share/fsl/4.1/bin/slicer example_func2standard standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2standard1.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/slicer standard example_func2standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2standard2.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend example_func2standard1.png - example_func2standard2.png example_func2standard.png; /bin/rm -f sl?.png
>
>
> Could someone help with this problem? Thank you!
>
