hi, something like this works for me
mri_binarize --i /mri/aparc+aseg.mgz --match NUMBER --o /label/FREESURFER_ROI.nii.gz
fslswapdim /label/FREESURFER_ROI.nii.gz x z -y /label/FREESURFER_ROI.nii.gz_FORFSL.nii.gz
mri_convert -i /label/FREESURFER_ROI.nii.gz -rl /t1/output.mnc -o $sub/label/FREESURFER_ROI.nii.gz_FORFSL.nii.gz
fslmaths /label/FREESURFER_ROI.nii.gz_FORFSL.nii.gz -bin /label/FREESURFER_ROI.nii.gz_FORFSL.nii.gz
cheers
ds
|