Hi,
thank you very much. It works
regards
Bahram

-----Ursprüngliche Nachricht-----
Von: FSL - FMRIB's Software Library [mailto:[log in to unmask]] Im Auftrag von Christian F. Beckmann
Gesendet: Dienstag, 4. August 2009 05:02
An: [log in to unmask]
Betreff: Re: [FSL] AW: [FSL] Viewing ICA Components with fslview

Hi,

If you are running with the default options then the thresh* maps are
in MNI152 space, but at a 4mm isotropic voxel size. You can either
(i) use a 2mm isotropic voxel size in the GUI so that the MNI152 2mm
template matches (analysis might take a long time then and/or not
even finish due to memory limitations on your system)
(ii) up-sample the thresh* maps to 2mm after melodic finished
(iii) down-sample the MNI 152 2mm brain to 4mm isotropic
hth
Christian



On 3 Aug 2009, at 13:43, Extern: Mohammadi, Dr. Bahram wrote:

> Hi,
> thank you for his point. But how can i visualize these maps. The "
> thresh_zstat1.nii.gz" shows only the corresponding IC-Component,
> what can I use as background image to see where I am.
> thanks
>
> -----Ursprüngliche Nachricht-----
> Von: FSL - FMRIB's Software Library [mailto:[log in to unmask]] Im
> Auftrag von Christian F. Beckmann
> Gesendet: Samstag, 1. August 2009 22:32
> An: [log in to unmask]
> Betreff: Re: [FSL] Viewing ICA Components with fslview
>
> Hi,
>
> make sure that the image you want to add has the same voxel resolution
> - I suspect your t1 is much higher resolution and therefore fslview
> will not accept this to be loaded in along with the other images
> hth
> Christian
>
> On 31 Jul 2009, at 13:48, SUBSCRIBE FSL Anonymous wrote:
>
>> I am trying to view different ica components with FSL view. I can
>> open either
>> probmap_1.nii.gz or thresh_zstat1.nii.gz (from stats folder). How
>> can I use
>> now a background image (t1). I tried to use "Add standard", but it
>> didn't work.
>> As I performed the Melodic the registration was done with each
>> individual main
>> structural image and standard space. I tried also "Renderhighres"
>> but didn't
>> work.
>> Thanks
>> Bahram
>
> _______________________________________________
> Christian F. Beckmann, DPhil
> Senior Lecturer, Clinical Neuroscience Department
> Division of Neuroscience and Mental Health
> Imperial College London, Hammersmith Campus
> Rm 419, Burlington Danes Bldg, Du Cane Road, London W12 0NN, UK
> Tel.: +44 (0)20 7594 6685 --- Fax: +44 (0)20 7594 6548
> Email: [log in to unmask]
> http://www.imperial.ac.uk/medicine/people/c.beckmann/
>
> Senior Research Fellow, FMRIB Centre
> University of Oxford
> JR Hospital - Oxford OX3 9DU
> Tel.: +44 (0)1865 222551 --- Fax: +44 (0)1865 222717
> Email: [log in to unmask]
> http://www.fmrib.ox.ac.uk/~beckmann
>
> International Neuroscience Institute (INI) Hannover GmbH
> HR Hannover B 56683 - Sitz der Gesellschaft Hannover
> Geschäftsführer: Dr. med. Dipl.-Bwt. (FH) Martin Kohnert - Dr. med.
> Dr. jur. Martin F. Siebert
>
> Bitte beachten Sie, dass diese Nachricht und alle beigefügten
> Dateien vertraulich sind und nur für den Adressaten bestimmt sind.
> Personen, für die diese Nachricht nicht bestimmt ist, ist es nicht
> gestattet, diese zu lesen, erneut zu übertragen, zu verbreiten oder
> anderweitig zu verwenden. Falls Sie diese Nachricht irrtümlich
> erhalten haben, bitten wir um Ihre unverzügliche Rück-E-Mail,
> Telefon oder Telefax. Ferner müssen wir Sie auffordern, diese
> Nachricht sofort von Ihrem Computersystem zu löschen.
>
> Diese Nachricht sowie jede andere E-Mail nebst beigefügten Dateien
> können abgefangen, von Dritten verändert oder von Unbefugten gelesen
> werden. Wir empfehlen Ihnen, an uns gerichtete vertrauliche
> Informationen mittels Briefpost, Telefax oder Kurierdienst zu
> übermitteln. Wenn Sie per E-Mail mit uns in Korrespondenz treten, so
> betrachten wir dies als Weisung, in der entsprechenden Angelegenheit
> per E-Mail zu kommunizieren und leiten daraus auch Ihre Zustimmung ab.
>
> This e-mail and any files transmitted with it are confidential and
> are intended solely for the addressee. It may contain privileged
> information. If you are not the intended recipient, you are hereby
> notified that any use, disclosure, copying, printing, forwarding or
> dissemination of this e-mail is strictly prohibited. If you have
> received this e-mail in error, please notify the sender by e-mail,
> telephone or facsimile and delete it from your system. We recommend
> that you use either regular mail, courier services or facsimile
> transmission for confidential information.
>
> By sending us messages by e-mail, we understand that you authorize
> and instruct us to communicate by e-mail as well

_______________________________________________
Christian F. Beckmann, DPhil
Senior Lecturer, Clinical Neuroscience Department
Division of Neuroscience and Mental Health
Imperial College London, Hammersmith Campus
Rm 419, Burlington Danes Bldg, Du Cane Road, London W12 0NN, UK
Tel.: +44 (0)20 7594 6685 --- Fax: +44 (0)20 7594 6548
Email: [log in to unmask]
http://www.imperial.ac.uk/medicine/people/c.beckmann/

Senior Research Fellow, FMRIB Centre
University of Oxford
JR Hospital - Oxford OX3 9DU
Tel.: +44 (0)1865 222551 --- Fax: +44 (0)1865 222717
Email: [log in to unmask]
http://www.fmrib.ox.ac.uk/~beckmann
 
International Neuroscience Institute (INI) Hannover GmbH
HR Hannover B 56683 - Sitz der Gesellschaft Hannover
Geschäftsführer: Dr. med. Dipl.-Bwt. (FH) Martin Kohnert - Dr. med. Dr. jur. Martin F. Siebert

Bitte beachten Sie, dass diese Nachricht und alle beigefügten Dateien vertraulich sind und nur für den Adressaten bestimmt sind. Personen, für die diese Nachricht nicht bestimmt ist, ist es nicht gestattet, diese zu lesen, erneut zu übertragen, zu verbreiten oder anderweitig zu verwenden. Falls Sie diese Nachricht irrtümlich erhalten haben, bitten wir um Ihre unverzügliche Rück-E-Mail, Telefon oder Telefax. Ferner müssen wir Sie auffordern, diese Nachricht sofort von Ihrem Computersystem zu löschen.

Diese Nachricht sowie jede andere E-Mail nebst beigefügten Dateien können abgefangen, von Dritten verändert oder von Unbefugten gelesen werden. Wir empfehlen Ihnen, an uns gerichtete vertrauliche Informationen mittels Briefpost, Telefax oder Kurierdienst zu übermitteln. Wenn Sie per E-Mail mit uns in Korrespondenz treten, so betrachten wir dies als Weisung, in der entsprechenden Angelegenheit per E-Mail zu kommunizieren und leiten daraus auch Ihre Zustimmung ab.

This e-mail and any files transmitted with it are confidential and are intended solely for the addressee. It may contain privileged information. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any use, disclosure, copying, printing, forwarding or dissemination of this e-mail is strictly prohibited. If you have received this e-mail in error, please notify the sender by e-mail, telephone or facsimile and delete it from your system. We recommend that you use either regular mail, courier services or facsimile transmission for confidential information.

By sending us messages by e-mail, we understand that you authorize and instruct us to communicate by e-mail as well