So i've tried the commands. When I typed in the first one I got an error message permission denied.

I used source .../fsl.sh instead, ist that right?

 

Afterwards I've tried to recompile again. The process startet, but then I got an error. Here are the last lines from my terminal:

 

tractOptions.cc:(.text._ZStplIcSt11char_traitsIcESaIcEESbIT_T0_T1_ERKS6_S8_[_ZStplIcSt11char_traitsIcESaIcEESbIT_T0_T1_ERKS6_S8_]+0x37): Nicht definierter Verweis auf `std::string::append(std::string const&)'
tractOptions.cc:(.text._ZStplIcSt11char_traitsIcESaIcEESbIT_T0_T1_ERKS6_S8_[_ZStplIcSt11char_traitsIcESaIcEESbIT_T0_T1_ERKS6_S8_]+0x48): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string()'
/tmp/ccuBj9AP.o: In Funktion `Utilities::Option<bool>::value(int) const':
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0x62): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_allocate_exception'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0x71): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0x86): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::basic_string(char const*, std::allocator<char> const&)'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0xa1): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0xad): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0xbf): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_throw'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0xce): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIbE5valueEi]+0xd6): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_free_exception'
/tmp/ccuBj9AP.o: In Funktion `Utilities::Option<std::string>::value(int) const':
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0x66): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_allocate_exception'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0x75): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0x8a): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::basic_string(char const*, std::allocator<char> const&)'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0xa5): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0xb1): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0xc3): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_throw'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0xd2): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionISsE5valueEi]+0xda): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_free_exception'
/tmp/ccuBj9AP.o: In Funktion `Utilities::Option<int>::value(int) const':
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0x6a): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_allocate_exception'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0x79): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0x8e): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::basic_string(char const*, std::allocator<char> const&)'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0xa9): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0xb5): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0xc7): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_throw'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0xd6): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIiE5valueEi]+0xde): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_free_exception'
/tmp/ccuBj9AP.o: In Funktion `Utilities::Option<float>::value(int) const':
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0x6a): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_allocate_exception'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0x79): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0x8e): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::basic_string(char const*, std::allocator<char> const&)'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0xa9): Nicht definierter Verweis auf `std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >::~basic_string()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0xb5): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0xc7): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_throw'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0xd6): Nicht definierter Verweis auf `std::allocator<char>::~allocator()'
tractOptions.cc:(.text._ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi[_ZNK9Utilities6OptionIfE5valueEi]+0xde): Nicht definierter Verweis auf `__cxa_free_exception'
/tmp/ccuBj9AP.o:(.rodata._ZTIN9Utilities13X_OptionErrorE[_ZTIN9Utilities13X_OptionErrorE]+0x0): Nicht definierter Verweis auf `vtable for __cxxabiv1::__si_class_type_info'
/tmp/ccuBj9AP.o:(.rodata._ZTIN9Utilities13X_OptionErrorE[_ZTIN9Utilities13X_OptionErrorE]+0x10): Nicht definierter Verweis auf `typeinfo for std::exception'
/tmp/ccuBj9AP.o:(.eh_frame+0x4b): Nicht definierter Verweis auf `__gxx_personality_v0'
collect2: error: ld returned 1 exit status
In file included from /usr/local/fsl//include/newimage/newimageall.h:72:0,
                 from vecreg.h:72,
                 from vecreg.cc:69:
/usr/local/fsl//include/newimage/newimage.h:77:22: fatal error: newmatap.h: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
 #include "newmatap.h"
                      ^
compilation terminated.
In file included from xfibres.cc:76:0:
/usr/local/fsl//include/utils/log.h:85:22: fatal error: newmatap.h: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
 #include "newmatap.h"
                      ^
compilation terminated.
In file included from xfibres_gpu.cc:69:0:
CUDA/xfibres_gpu.h:69:20: fatal error: newmat.h: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
 #include "newmat.h"
                    ^
compilation terminated.
In file included from /usr/local/fsl//include/newimage/newimageall.h:72:0,
                 from xfibres_pred.cc:70:
/usr/local/fsl//include/newimage/newimage.h:77:22: fatal error: newmatap.h: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
 #include "newmatap.h"
                      ^
compilation terminated.
In file included from xfibresoptions.h:78:0,
                 from xfibresoptions.cc:76:
/usr/local/fsl//include/utils/log.h:85:22: fatal error: newmatap.h: Datei oder Verzeichnis nicht gefunden
 #include "newmatap.h"
                      ^
compilation terminated.
make: *** Keine Regel, um »/usr/local/fsl/config///usr/local/fsl/etc/fslconf/fslmachtype.sh/externallibs.mk« zu erstellen.  Schluss.