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Started at Tue Sep 25 18:15:52 CEST 2012

Main script


/bin/cp /tmp/feat_ZrH1Xr.fsf design.fsf

mkdir .files;cp /usr/share/fsl/4.1/doc/fsl.css .files;ln -s /usr/share/fsl/4.1/doc/images .files/images

Prestats

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths /home/andi/kira_data/subj/01/a/bold/bold.nii_4tests prefiltered_func_data -odt float
Total original volumes = 30

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslroi prefiltered_func_data example_func 15 1

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslstats prefiltered_func_data -p 2 -p 98
6.000000 935.000000 

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths prefiltered_func_data -thr 98.9 -Tmin -bin mask -odt char

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslstats prefiltered_func_data -k mask -p 50
666.000000 

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths mask -dilF mask

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths prefiltered_func_data -mas mask prefiltered_func_data_thresh

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths prefiltered_func_data_thresh -mul 15.015015015 prefiltered_func_data_intnorm

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths prefiltered_func_data_intnorm filtered_func_data

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslhd -x filtered_func_data | sed 's/  dt = .*/  dt = '3.0'/g' > tmpHeader

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslcreatehd tmpHeader filtered_func_data

/bin/rm tmpHeader

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths filtered_func_data -Tmean mean_func

/bin/rm -rf prefiltered_func_data*

Registration

/bin/mkdir -p reg

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths /home/andi/kira_data/subj/01/a/bold/01a_t1 highres

/usr/share/fsl/4.1/bin/fslmaths /usr/share/fsl/4.1/data/standard/MNI152_T1_2mm_brain standard

/usr/share/fsl/4.1/bin/flirt -ref highres -in example_func -out example_func2highres -omat example_func2highres.mat -cost corratio -dof 6 -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -interp trilinear  

/usr/share/fsl/4.1/bin/convert_xfm -inverse -omat highres2example_func.mat example_func2highres.mat

/usr/share/fsl/4.1/bin/slicer example_func2highres highres -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2highres1.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/slicer highres example_func2highres -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2highres2.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend example_func2highres1.png - example_func2highres2.png example_func2highres.png; /bin/rm -f sl?.png

/usr/share/fsl/4.1/bin/flirt -ref standard -in highres -out highres2standard -omat highres2standard.mat -cost corratio -dof 12 -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -interp trilinear  

/usr/share/fsl/4.1/bin/convert_xfm -inverse -omat standard2highres.mat highres2standard.mat

/usr/share/fsl/4.1/bin/slicer highres2standard standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png highres2standard1.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/slicer standard highres2standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png highres2standard2.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend highres2standard1.png - highres2standard2.png highres2standard.png; /bin/rm -f sl?.png

/usr/share/fsl/4.1/bin/convert_xfm -omat example_func2standard.mat -concat highres2standard.mat example_func2highres.mat

/usr/share/fsl/4.1/bin/flirt -ref standard -in example_func -out example_func2standard -applyxfm -init example_func2standard.mat -interp trilinear

/usr/share/fsl/4.1/bin/convert_xfm -inverse -omat standard2example_func.mat example_func2standard.mat

/usr/share/fsl/4.1/bin/slicer example_func2standard standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2standard1.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/slicer standard example_func2standard -s 2 -x 0.35 sla.png -x 0.45 slb.png -x 0.55 slc.png -x 0.65 sld.png -y 0.35 sle.png -y 0.45 slf.png -y 0.55 slg.png -y 0.65 slh.png -z 0.35 sli.png -z 0.45 slj.png -z 0.55 slk.png -z 0.65 sll.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend sla.png + slb.png + slc.png + sld.png + sle.png + slf.png + slg.png + slh.png + sli.png + slj.png + slk.png + sll.png example_func2standard2.png ; /usr/share/fsl/4.1/bin/pngappend example_func2standard1.png - example_func2standard2.png example_func2standard.png; /bin/rm -f sl?.png