Dear Michael,
thank you a lot for you help!! I was able to install FSL 4.1.9 and there seem to be no problems:
christina@ubuntu:~$ wget -O- http://neuro.debian.net/lists/lucid.de | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
--2012-04-10 13:00:26-- http://neuro.debian.net/lists/lucid.de
Auflösen des Hostnamen neuro.debian.net... 129.170.30.193
Verbindungsaufbau zu neuro.debian.net|129.170.30.193|:80... verbunden.
HTTP-Anforderung gesendet, warte auf Antwort... 200 OK
Länge: 296 [text/plain]
In »STDOUT« speichern.
100%[======================================>] 296 --.-K/s in 0s
2012-04-10 13:00:26 (15,9 MB/s) - auf die Standardausgabe geschrieben [296/296]
[sudo] password for christina:
deb http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian data main contrib non-free
#deb-src http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian data main contrib non-free
deb http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian lucid main contrib non-free
#deb-src http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian lucid main contrib non-free
christina@ubuntu:~$ sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver pgp.mit.edu 2649A5A9
Executing: gpg --ignore-time-conflict --no-options --no-default-keyring --secret-keyring /etc/apt/secring.gpg --trustdb-name /etc/apt/trustdb.gpg --keyring /etc/apt/trusted.gpg --primary-keyring /etc/apt/trusted.gpg --recv-keys --keyserver pgp.mit.edu 2649A5A9
gpg: Schlüssel 2649A5A9 von hkp Server pgp.mit.edu anfordern
gpg: Schlüssel 2649A5A9: "NeuroDebian Archive Key <[log in to unmask]>" nicht geändert
gpg: Anzahl insgesamt bearbeiteter Schlüssel: 1
gpg: unverändert: 1
christina@ubuntu:~$ sudo apt-get update
Hole:1 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de data Release.gpg [198B]
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid Release.gpg
OK http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/main Translation-de
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/main Translation-de
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/contrib Translation-de
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free Translation-de
Hole:2 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de lucid Release.gpg [198B]
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/main Translation-de
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/contrib Translation-de
Ign http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/non-free Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/restricted Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/universe Translation-de
OK http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid/multiverse Translation-de
Hole:3 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates Release.gpg [198B]
Ign http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-updates/main Translation-de
Ign http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-updates/restricted Translation-de
Ign http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-updates/universe Translation-de
Ign http://de.archive.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-updates/multiverse Translation-de
Hole:4 http://security.ubuntu.com lucid-security Release.gpg [198B]
Ign http://security.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-security/main Translation-de
Ign http://security.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-security/restricted Translation-de
Hole:5 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de data Release [13,1kB]
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid Release
Hole:6 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates Release [57,3kB]
Ign http://security.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-security/universe Translation-de
Ign http://security.ubuntu.com/ubuntu/ lucid-security/multiverse Translation-de
Hole:7 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de lucid Release [12,0kB]
Hole:8 http://security.ubuntu.com lucid-security Release [57,3kB]
Hole:9 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de data/main Packages [5.402B]
Hole:10 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de data/contrib Packages [14B]
Hole:11 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de data/non-free Packages [4.107B]
Hole:12 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de lucid/main Packages [50,8kB]
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/main Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/restricted Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/main Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/restricted Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/universe Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/universe Sources
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/multiverse Packages
OK http://de.archive.ubuntu.com lucid/multiverse Sources
Hole:13 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de lucid/contrib Packages [3.463B]
Hole:14 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de lucid/non-free Packages [2.431B]
Hole:15 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/main Packages [587kB]
Hole:16 http://security.ubuntu.com lucid-security/main Packages [394kB]
Hole:17 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/restricted Packages [3.994B]
Hole:18 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/main Sources [220kB]
Hole:19 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/restricted Sources [1.834B]
Hole:20 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/universe Packages [259kB]
Hole:21 http://security.ubuntu.com lucid-security/restricted Packages [14B]
Hole:22 http://security.ubuntu.com lucid-security/main Sources [121kB]
Hole:23 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/universe Sources [94,7kB]
Hole:24 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/multiverse Packages [10,5kB]
Hole:25 http://de.archive.ubuntu.com lucid-updates/multiverse Sources [5.065B]
Hole:26 http://security.ubuntu.com lucid-security/restricted Sources [14B]
Hole:27 http://security.ubuntu.com lucid-security/universe Packages [121kB]
Hole:28 http://security.ubuntu.com lucid-security/universe Sources [36,1kB]
Hole:29 http://security.ubuntu.com lucid-security/multiverse Packages [4.574B]
Hole:30 http://security.ubuntu.com lucid-security/multiverse Sources [1.753B]
Es wurden 2.066kB in 5s geholt (352kB/s)
Paketlisten werden gelesen... Fertig
christina@ubuntu:~$ sudo apt-get install fsl
Paketlisten werden gelesen... Fertig
Abhängigkeitsbaum wird aufgebaut
Status-Informationen einlesen... Fertig
Die folgenden Pakete wurden automatisch installiert und werden nicht länger benötigt:
fsl-doc
Verwenden Sie »apt-get autoremove«, um sie zu entfernen.
Die folgenden zusätzlichen Pakete werden installiert:
fsl-4.1 fsl-atlases fsl-bangor-cerebellar-atlas fsl-doc-4.1
fsl-harvard-oxford-atlases fsl-jhu-dti-whitematter-atlas
fsl-juelich-histological-atlas fsl-mni-structural-atlas fsl-mni152-templates
fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas fsl-talairach-daemon-atlas libnifti2
Vorgeschlagene Pakete:
fsl-feeds octave3.2 dicomnifti fsl-possum-data fsl-first-data
gridengine-client
Die folgenden NEUEN Pakete werden installiert:
fsl-4.1 fsl-atlases fsl-bangor-cerebellar-atlas fsl-doc-4.1
fsl-harvard-oxford-atlases fsl-jhu-dti-whitematter-atlas
fsl-juelich-histological-atlas fsl-mni-structural-atlas fsl-mni152-templates
fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas fsl-talairach-daemon-atlas libnifti2
Die folgenden Pakete werden aktualisiert:
fsl
1 aktualisiert, 12 neu installiert, 0 zu entfernen und 58 nicht aktualisiert.
Es müssen 106MB an Archiven heruntergeladen werden.
Nach dieser Operation werden 111MB Plattenplatz zusätzlich benutzt.
Möchten Sie fortfahren [J/n]? J
Hole:1 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/main libnifti2 2.0.0-1~lucid.nd1 [107kB]
Hole:2 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/non-free fsl-4.1 4.1.9-2~nd10.04+1 [10,2MB]
Hole:3 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/non-free fsl 4.1.9-2~nd10.04+1 [18,4kB]
Hole:4 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ lucid/non-free fsl-doc-4.1 4.1.9-2~nd10.04+1 [11,2MB]
Hole:5 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-harvard-oxford-atlases 4.1.6-3 [7.890kB]
Hole:6 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-juelich-histological-atlas 4.1.6-3 [3.748kB]
Hole:7 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-jhu-dti-whitematter-atlas 4.1.6-3 [13,7MB]
Hole:8 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-mni-structural-atlas 4.1.6-3 [2.625kB]
Hole:9 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-talairach-daemon-atlas 4.1.6-3 [459kB]
Hole:10 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas 4.1.6-3 [221kB]
Hole:11 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-bangor-cerebellar-atlas 4.1.6-3 [1.326kB]
Hole:12 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-mni152-templates 4.1.6-3 [54,8MB]
Hole:13 http://apsy.gse.uni-magdeburg.de/debian/ data/non-free fsl-atlases 4.1.6-3 [3.796B]
Es wurden 106MB in 5Min 0s geholt (354kB/s)
Wähle vormals abgewähltes Paket libnifti2.
(Lese Datenbank ... 126506 Dateien und Verzeichnisse sind derzeit installiert.)
Entpacke libnifti2 (aus .../libnifti2_2.0.0-1~lucid.nd1_i386.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-4.1.
Entpacke fsl-4.1 (aus .../fsl-4.1_4.1.9-2~nd10.04+1_i386.deb) ...
Vorbereiten zum Ersetzen von fsl 4.1.4-2ubuntu1 (durch .../fsl_4.1.9-2~nd10.04+1_all.deb) ...
Moving FSL config file to /etc/fsl/4.1.
Entpacke Ersatz für fsl ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-doc-4.1.
Entpacke fsl-doc-4.1 (aus .../fsl-doc-4.1_4.1.9-2~nd10.04+1_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-harvard-oxford-atlases.
Entpacke fsl-harvard-oxford-atlases (aus .../fsl-harvard-oxford-atlases_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-juelich-histological-atlas.
Entpacke fsl-juelich-histological-atlas (aus .../fsl-juelich-histological-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-jhu-dti-whitematter-atlas.
Entpacke fsl-jhu-dti-whitematter-atlas (aus .../fsl-jhu-dti-whitematter-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-mni-structural-atlas.
Entpacke fsl-mni-structural-atlas (aus .../fsl-mni-structural-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-talairach-daemon-atlas.
Entpacke fsl-talairach-daemon-atlas (aus .../fsl-talairach-daemon-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas.
Entpacke fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas (aus .../fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-bangor-cerebellar-atlas.
Entpacke fsl-bangor-cerebellar-atlas (aus .../fsl-bangor-cerebellar-atlas_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-mni152-templates.
Entpacke fsl-mni152-templates (aus .../fsl-mni152-templates_4.1.6-3_all.deb) ...
Wähle vormals abgewähltes Paket fsl-atlases.
Entpacke fsl-atlases (aus .../fsl-atlases_4.1.6-3_all.deb) ...
Verarbeite Trigger für desktop-file-utils ...
Verarbeite Trigger für python-gmenu ...
Rebuilding /usr/share/applications/desktop.de_DE.utf8.cache...
Verarbeite Trigger für man-db ...
Verarbeite Trigger für python-support ...
Richte libnifti2 ein (2.0.0-1~lucid.nd1) ...
Richte fsl-4.1 ein (4.1.9-2~nd10.04+1) ...
Richte fsl ein (4.1.9-2~nd10.04+1) ...
Richte fsl-doc-4.1 ein (4.1.9-2~nd10.04+1) ...
Richte fsl-harvard-oxford-atlases ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-juelich-histological-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-jhu-dti-whitematter-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-mni-structural-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-talairach-daemon-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-oxford-thalamic-connectivity-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-bangor-cerebellar-atlas ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-mni152-templates ein (4.1.6-3) ...
Richte fsl-atlases ein (4.1.6-3) ...
Verarbeite Trigger für libc-bin ...
ldconfig deferred processing now taking place
______________________________________
I also tried to run the evaluation program again but there were some problems again (even though less than before):
FSL Evaluation and Example Data Suite v4.1.9
start time = Di 10. Apr 15:46:22 CEST 2012
hostname = ubuntu
os = Linux ubuntu 2.6.32-38-generic #83-Ubuntu SMP Wed Jan 4 11:13:04 UTC 2012 i686 GNU/Linux
/bin/rm -rf /home/christina/Desktop/feeds/results ; mkdir /home/christina/Desktop/feeds/results
Starting PRELUDE & FUGUE at Di 10. Apr 15:46:22 CEST 2012
% error = 0.0
% error = 0.0
Starting SUSAN at Di 10. Apr 15:46:26 CEST 2012
% error = 0.03
Starting SIENAX (including testing BET and FLIRT and FAST) at Di 10. Apr 15:51:00 CEST 2012
checking error on BET:
% error = 0.0
checking error on FLIRT:
% error = 0.03
checking error on FAST:
checking error on single-image binary segmentation:
No output image created
Warning - test failed!
checking error on partial volume images:
No output image created
Warning - test failed!
No output image created
Warning - test failed!
No output image created
Warning - test failed!
checking error on SIENAX volume outputs:
% error = 42.5
Warning - test failed!
% error = 2.65
Warning - test failed!
% error = 53.06
Warning - test failed!
% error = 42.64
Warning - test failed!
% error = 95.71
Warning - test failed!
Starting BET2 at Di 10. Apr 15:59:34 CEST 2012
checking error on T1 brain extraction:
% error = 0.0
checking error on skull and scalp surfaces:
% error = 0.14
% error = 0.25
% error = 0.3
Starting FEAT at Di 10. Apr 16:32:03 CEST 2012
checking error on filtered functional data:
% error = 0.12
checking error on raw Z stat images:
% error = 0.31
% error = 0.19
% error = 0.26
checking error on thresholded Z stat images:
% error = 0.42
% error = 0.35
% error = 0.35
checking error on registration images:
% error = 0.0
% error = 0.01
checking error on position of largest cluster of Talairached zfstat1:
% error = 0.0
% error = 0.0
% error = 0.0
% error = 0.02
% error = 0.12
% error = 0.1
Starting MELODIC at Di 10. Apr 16:50:45 CEST 2012
% error = 0.66
Starting FIRST at Di 10. Apr 17:02:21 CEST 2012
No output image created
Warning - test failed!
Starting FDT (bedpost) at Di 10. Apr 17:17:06 CEST 2012
checking error on bedpost output:
% error = 0.23
% error = 0.01
% error = 0.31
% error = 0.2
% error = 0.07
% error = 0.31
% error = 0.2
Starting FNIRT at Di 10. Apr 17:25:30 CEST 2012
% error = 0.0
Warning - not all tests passed
end time = Di 10. Apr 17:25:31 CEST 2012
4639.53user 60.64system 1:39:09elapsed 79%CPU (0avgtext+0avgdata 1465904maxresident)k
1944904inputs+863288outputs (26090major+10210266minor)pagefaults 0swaps
Do you have an idea what might have gone wrong?
Thank you for your help!
Christina
----- Ursprüngliche Nachricht -----
Von: Michael Hanke <[log in to unmask]>
Datum: Sonntag, 8. April 2012, 21:05
Betreff: Re: [FSL] Feeds - tests failed
An: [log in to unmask]
> On Sun, Apr 08, 2012 at 06:06:34PM +0200, Christina Haag wrote:
> > And I am on Ubuntu (10.04.4) and downloaded FSL at
> Neurodebian. I just
> > have seen that they also offer FSL 4.1.9 for Lucid but I do
> not know
> > how I can get it. I followed the instructions on their site
> and there
> > was a download code created for my Ubuntu version so that I
> could not
> > choose between different FSL versions (and so I got FSL
> 4.1.4). Do you
> > have an idea how I can get the latest FSL version for Lucid?
>
> If you got 4.1.4 you haven't configured NeuroDebian properly.
> 4.1.4 is
> the version that is in Ubuntu lucid itself, not in NeuroDebian.
>
> Select lucid and a mirror close to you, copy the two config
> lines into a
> terminal (both together), and be sure to run 'sudo apt-get update'
> afterwards. If you have done that and there was no error of any
> kind (if
> there was, please post it), you should be able to run
>
> sudo apt-get install fsl
>
> and it should download and install FSL 4.1.9.
>
> If that doesn't work, please post the terminal output of the procedure
> described above.
>
> Michael
>
> --
> Michael Hanke
> http://mih.voxindeserto.de
