Hello FSL,
I am attempting to do a VBM analysis using the instructions from the FSL-VBM v1.1 homepage, however, I am having problems at the last stage of analysis.
The script: "fslvbm_3_proc" works properly, it creates the 4D GM images "GM_mod_merg".
My problem arise in the last step: "Displaying cluster-based thresholding results". In particular, with the randomise function:
randomise -i GM_mod_merg_s3 -m GM_mask -o fslvbm -d design.mat -t design.con -c 2.3 -n 5000 -V
It produces all the iterations for the permutation test corresponding to the tstat1 images, which are shown in the linux terminal (for example, 5000 iterations), however, only two
iterations are produced for the tstat2 analysis. It seems as if the algorithm was caught in a local minimum at the second iteration.
However, with other set of structural data (in the order of 70 subjects) FSL-VBM works fine in my machine...
Can anyone tell me how to solve this problem? In aparience all the T1 images used in my study are OK.
All the best,
Erick J. Canales-Rodríguez
Benito Menni Complex assistencial en Salut Mental
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