As far as I understand it (not very far), the PDB version 3 format changes the naming of ribose ring atoms in nucleic acid to the conventional C1', C2' etc from the version 2 C1* etc

The dictionaries supplied with Coot & Refmac have the V2 style names C1* etc

eg a/ADP.cif

data_comp_ADP

#

loop_

_chem_comp_atom.comp_id

_chem_comp_atom.atom_id

_chem_comp_atom.type_symbol

_chem_comp_atom.type_energy

_chem_comp_atom.partial_charge

_chem_comp_atom.x

_chem_comp_atom.y

_chem_comp_atom.z

 ADP           O2A    O    OP       -0.500      0.000    0.000    0.000

 ADP           PA     P    P         0.000      1.026    1.100    0.106

 ADP           O1A    O    OP       -0.500      1.921    1.136    1.326

 ADP           O3A    O    O2        0.000      2.021    1.042   -1.149

 ADP           PB     P    P         0.000      1.545    0.853   -2.667

 ADP           O3B    O    OP       -0.660      2.802    0.361   -3.341

 ADP           O2B    O    OP       -0.660      0.421   -0.149   -2.613

 ADP           O1B    O    OP       -0.660      1.204    2.233   -3.157

 ADP           O5*    O    O2        0.000      0.378    2.570    0.052

 ADP           C5*    C    CH2       0.000     -0.566    2.955   -0.916

 ADP           H5*1   H    H         0.000     -1.399    2.252   -0.844

 ADP           H5*2   H    H         0.000     -0.084    2.847   -1.890

 ADP           C4*    C    CH1       0.000     -1.083    4.370   -0.761

 ADP           H4*    H    H         0.000     -1.632    4.428    0.189

 ADP           C3*    C    CH1       0.000     -2.090    4.668   -1.916

 ... etc

Should these dictionaries be changed?

Phil