Dear all,
I need to reorient (no reslice, header change only) a 4D nifti file.
I tried to reorient my 4D nifti file in SPM8, with display (or the batch
utils), using a pitch of 90 deg (pi/2 rad). It appeared only the first
image in this 4D nifti file had a header that was reoriented, the 2nd
till last had the old orientation.
I verified this by doing
fname='some4Dfile.nii';
V=spm_vol(fname);
then, V(1).mat had changed, but V(2).mat and onwards didnt.
With
Data=spm_read_vols(V);
for t=2:length(V)
V(t).mat=V(1).mat;
end
spm_write_vols(V,Data);
I couldnt fix this, as apparently spm_write_vols cant write 4D data.
Any ideas?
Cheers,
Bas
--
--------------------------------------------------
Dr. S.F.W. Neggers
Division of Brain Research
Rudolf Magnus Institute for Neuroscience
Utrecht University Medical Center
Visiting : Heidelberglaan 100, 3584 CX Utrecht
Room B.01.1.03
Mail : Huispost B01.206, P.O. Box 85500
3508 GA Utrecht, the Netherlands
Tel : +31 (0)88 7559609
Fax : +31 (0)88 7555443
E-mail : [log in to unmask]
Web : http://www.neuromri.nl/people/bas-neggers
: http://www.neuralnavigator.com (CEO)
--------------------------------------------------
------------------------------------------------------------------------------
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
------------------------------------------------------------------------------
This message may contain confidential information and is intended exclusively
for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not
use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University
Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at
the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
|