Hi Erick,
as a general statement, BET output has got a big impact on FSL-VBM results. It does not need to be perfect, but it should not crop any part of the brain.
Having a *bit* of non-brain tissue is usually fine, but you'll need to check that the corresponding non-linearly registered GM is ok. Increasing the fractional intensity can definitely help getting a better result (default=0.4 in FSL-VBM), but again, please do check that it does not remove any brain tissue...
Cheers,
Gwenaelle
--- En date de : Mer 26.11.08, Erick Canales Rodriguez (Benito Menni CASM) <[log in to unmask]> a écrit :
> De: Erick Canales Rodriguez (Benito Menni CASM) <[log in to unmask]>
> Objet: [FSL] Influence of BET on FSL-VBM?
> À: [log in to unmask]
> Date: Mercredi 26 Novembre 2008, 9h49
> Hi FSL,
>
> Some of my brain images are not extracted in a correct way
> with the use of BET; non-brain tissue appears in the
> results.
>
> In previous comments some users suggest to increase the
> fractional intensity threshold (-f). This is the usual
> approach or there are new alternatives to improve it?
>
> It is necessary an accurate brain extraction procedure for
> a trustworthy inference on VBM results?
>
> Best regards,
>
> Erick J. Canales-Rodríguez
>
> (+34) 93 652 99 99 ext. 255
>
> Unitat de Recerca, Benito Menni CASM
> (http://www.hospitalbenitomenni.org/Default.aspx)
> Sant Boi del Llobregat (Barcelona), Espanya/España/Spain
>
> Benito Menni Complex assistencial en Salut Mental
> ________________________________________
>
> Este mensaje se dirige exclusivamente a su destinatario y
> puede contener información privilegiada o confidencial. Si
> no es vd. el destinatario indicado, queda notificado de que
> la utilización, divulgación y/o copia sin autorización
> está prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha
> recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo
> comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
>
> Aquest missatge va dirigit exclusivament al seu destinatari
> i pot contenir informació privilegiada o confidencial. Si
> vosté no és el destinatari indicat, li notifiquem que la
> utilització, divulgació i/o còpia sense autorització
> està prohibida en virtud de la legislació vigent. Si ha
> rebut aquest missatge per error, li preguem que ens ho
> comuniqui el més aviat possible.
|