Hi Erick,
could you please copy/paste the content of your design.mat and design.con files?
Cheers,
Gwenaelle
--- En date de : Lun 24.11.08, Erick Canales Rodriguez (Benito Menni CASM) <[log in to unmask]> a écrit :
> De: Erick Canales Rodriguez (Benito Menni CASM) <[log in to unmask]>
> Objet: [FSL] FSL-VBM Problem
> À: [log in to unmask]
> Date: Lundi 24 Novembre 2008, 14h52
> Hello FSL,
>
> I am attempting to do a VBM analysis using the instructions
> from the FSL-VBM v1.1 homepage, however, I am having
> problems at the last stage of analysis.
> The script: "fslvbm_3_proc" works properly, it
> creates the 4D GM images "GM_mod_merg".
> My problem arise in the last step: "Displaying
> cluster-based thresholding results". In particular,
> with the randomise function:
>
> randomise -i GM_mod_merg_s3 -m GM_mask -o fslvbm -d
> design.mat -t design.con -c 2.3 -n 5000 -V
>
> It produces all the iterations for the permutation test
> corresponding to the tstat1 images, which are shown in the
> linux terminal (for example, 5000 iterations), however, only
> two iterations are produced for the tstat2 analysis. It
> seems as if the algorithm was caught in a local minimum at
> the second iteration.
>
> However, with other set of structural data (in the order of
> 70 subjects) FSL-VBM works fine in my machine...
>
> Can anyone tell me how to solve this problem? In aparience
> all the T1 images used in my study are OK.
>
> All the best,
>
> Erick J. Canales-Rodríguez
>
> (+34) 93 652 99 99 ext. 255
>
> Unitat de Recerca, Benito Menni CASM
> (http://www.hospitalbenitomenni.org/Default.aspx)
> Sant Boi del Llobregat (Barcelona), Espanya/España/Spain
>
> Benito Menni Complex assistencial en Salut Mental
> ________________________________
>
> ________________________________
> Este mensaje se dirige exclusivamente a su destinatario y
> puede contener información privilegiada o confidencial. Si
> no es vd. el destinatario indicado, queda notificado de que
> la utilización, divulgación y/o copia sin autorización
> está prohibida en virtud de la legislación vigente. Si ha
> recibido este mensaje por error, le rogamos que nos lo
> comunique inmediatamente por esta misma vía y proceda a su
> destrucción.
>
> Aquest missatge va dirigit exclusivament al seu destinatari
> i pot contenir informació privilegiada o confidencial. Si
> vosté no és el destinatari indicat, li notifiquem que la
> utilització, divulgació i/o còpia sense autorització
> està prohibida en virtud de la legislació vigent. Si ha
> rebut aquest missatge per error, li preguem que ens ho
> comuniqui el més aviat possible.
|